故事將帶領觀眾一窺犯罪王子：小丑黑暗面的起源，看他如何從一名鬱鬱不得志的喜劇演員，在一場犯罪過程中，被蝙蝠俠誤認為是犯罪首腦而遭到追捕，過程中他落入化學槽，強力的化學藥劑徹底改變了他的容貌，也從此改變小丑與蝙蝠俠一生的命運。

幾年後小丑逃離阿卡漢療養院，一心一意想要證明任何人只要和他一樣遭遇到非常不如意的一天，都會變得跟他一樣瘋狂。於是他決定把犯罪目標鎖定在高登警長身上，而蝙蝠俠則必須設法阻止小丑的邪惡計畫，拯救高譚市警長。

在【蝙蝠俠：致命玩笑】中還將介紹身為蝙蝠女的芭芭拉高登的事蹟。【蝙蝠俠：致命玩笑】全片忠於原汁原味，把焦點放在超級反派的形成、令人瞠目結舌的邪惡計劃與超級英雄的堅毅英勇。